El último trimestre del año 2007 se aprobó la nueva organización de investigación del IMIM en cinco programas de investigación de carácter multidisciplinar, formados por una composición mixta de investigadores e investigadoras del IMIM i del PSMAR, antes IMAS (Hospital del Mar, Hospital de la Esperanza y Centro Forum, entre otros).
Esta nueva estructura organizativa empezaría a ser vigente a todos los efectos a partir de enero 2008 y respondía tanto a las recomendaciones realizadas en los su día por el Scientific Advisor Board (SAB) como a las nuevas necesidades y retos que presenta una organización como la nuestra, que tiene que potenciar las sinergias entre la investigación más básica y la más clínica con el Hospital del Mar al frente.
Estos cinco programas de investigación que a la vez están subdivididos en grupos de investigación, giran en torno a los siguientes ejes temáticos:
Aprovechando la nueva organización, el 15 de marzo de 2008, se puso en marcha la nueva página web del IMIM que fue situada en la primera posición a nivel español, en la 37 a nivel europeo y en la 121 a nivel mundial según el ranking que elaboraba el Laboratorio de Cibermetría del CSIC, en base al análisis de más de 18.000 webs sanitarias de todo el mundo.
También hay que destacar que el IMIM estaba dentro de los diez primeros centros españoles tanto en publicaciones científicas como en número de citas recibidas, tal como constaba en el informe "Caracterización bibliomètrica de la producción científica en Cataluña, 1996-2006". Lluís Rovira, Raül Isaac Méndez-Vásquez, Eduard Suñén-Pinyol, y Jordi Camí.
El 16 de diciembre de 2013, el Comité de Acreditación del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) aprobó la acreditación del IMIM como Instituto de Investigación Sanitaria, la cual fue ratificada por la Secretaría de Estado de Investigación, Desarrollo e Innovación por la Orden de 17 de febrero de 2014.
Asimismo, en 2013 el IMIM fue reconocido como Centro CERCA un reconocimiento que garantiza la calidad de su actuación y la excelencia de sus resultados científicos.
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