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Farmacoinformática Manuel Pastor

Este grupo se dedica al desarrollo y a la aplicación de metodologías computacionales en el ámbito del diseño y del desarrollo de fármacos. El jefe del grupo es Manuel Pastor. Jana Selent y Nuria Centeno son algunas de las investigadoras principales de este grupo. Es un grupo de la Universidad Pompeu Fabra adscrito al IMIM.

Hoy en día, las metodologías computacionales se aplican ampliamente en muchos pasos del proceso de descubrimiento y desarrollo de fármacos, desde el modelado estructural de un objetivo farmacológico hasta la predicción de la afinidad de la unión de ligandos. Sin embargo, en la gran mayoría de los casos, las limitaciones de la tecnología actual sólo nos permite obtener representaciones aproximadas de los fenómenos biológicos complejos que son el objeto de interés en el desarrollo de nuevos fármacos.

El objetivo del grupo PharmacoInformatics es mejorar la tecnología actual con un enfoque pragmático. Queremos desarrollar herramientas útiles que incrementen la eficiencia del proceso de I+D farmacéutico. Al mismo tiempo, la necesidad de producir modelos robustos nos lleva a superar los enfoques reduccionistas y a desarrollar métodos de escala múltiple, que describen representaciones más ricas y realísticas de los fenómenos en estudio de las que se producen con los métodos computacionales clásicos.

Principales líneas de investigación

Potencial de interacción molecular en el diseño de fármacos

Desarrollo de metodologías para el Potencial de Interacción Molecular (MIP, por sus siglas en inglés) en el diseño de fármacos. Algunas de éstas se han aplicado en el programa MIPSim, un paquete software que lleva a cabo análisis de similitud molecular siguiendo como base la comparación de MIP.

Nuevos descriptores y metodologías basados en MIP

Desarrollo de descriptores moleculares basados en MIP de segunda generación, especialmente orientados al desarrollo de fármacos. En este ámbito, colaboramos con Multivariate Infometric Analysis S.R.L., los miembros del equipo de desarrollo del software GRID, y en colaboración con Molecular Discovery Ltd.

http://www.miasrl.com/

http://www.moldiscovery.com/

Modelización molecular de GPCR

Los receptores celulares acoplados a las proteínas G (GPCR) son el objetivo de la mayoría de los fármacos del mercado. No obstante, puesto que son proteínas de membrana, sólo recientemente ha podido determinarse una estructura por cristalografía de rayos X, por lo que la modelización de homologías de estas proteínas sigue siendo un reto. Nuestro laboratorio trabaja en la aplicación tanto de enfoques directos (SBDD) como indirectos (3D QSAR) al problema. La investigación en este ámbito está financiada por el CICYT y por la Fundació Marató de TV3.

Software para la colaboración en el diseño de fármacos – LINK3D

Este grupo de investigación ha coordinado el proyecto LINK3D, financiado por la UE y que ha desarrollado de manera satisfactoria un software para la colaboración en el ámbito del diseño y desarrollo de fármacos. El LINK3D permite que los profesionales encargados del desarrollo y descubrimiento de fármacos puedan compartir datos en tiempo real y de una forma segura, mediante conversaciones interactivas y dinámicas, independientemente de dónde se encuentren o de las plataformas que utilicen. http://www.infobiomed.net/link3d/